美因茨足球俱乐部的历史可以追溯到早于1903年，当时尝试组织足球队却以失败告终。两年后成功创立了“1. Mainzer Fussballclub Hassia 1905”。在参加德国南部联会联赛（Süddeutschen Fußballverband）一段时间后，该球队与“Mainzer TV 1817”的名为“FC Hermannia 07”的足球部合并，组成了“1. Mainzer Fussballverein Hassia 05”，并于1912年8月删除了“Hassia”这个名称。
在第一次世界大战后的1919年，美因茨的足球队再次合并，这一次是与“Sportverein 1908 Mainz”组成了“1. Mainzer Fußball- und Sportverein 05”，简称“Die Nullfünfer”。这支球队是一个具有争夺冠军实力的球队，在两次大战之间曾多次赢得地区联赛冠军，并于1921年晋级全国锦标赛的初赛圈。
在纳粹时期，美因茨足球队在20世纪20年代末到30年代初的莱茵-黑森区级联赛中表现不错，包括在黑森赛区（Gruppe Hessen）获得1932年和1933年两次冠军。然而，当纳粹德国重组联赛制度后，美因茨被编入了“西南省际联赛”（Gauliga Südwest），这是16个顶级联赛之一，但只能维持一季便降级。1938年，他们被迫与“Reichsbahn SV Mainz”合并，以“Reichsbahn SV Mainz 05”的名义继续比赛，直到第二次世界大战结束。
美因茨足球俱乐部在战后再次参加了德国西南地区的顶级联赛“Oberliga Südwest”，但表现一般，随后大部分时间都在第二级别的地区联赛（Regionalliga）中比赛。经历了财务困难，在1982年夺得了德国业余足球锦标赛冠军。在过去几十年中，球队曾降级到业余联赛，升降级频繁。
在2004年，在尤尔根·克洛普带领下，美因茨成功升级到德甲，并在顶级联赛中停留了三个赛季。在2008-09赛季的德乙联赛中，美因茨获得第2位，直接升入2009-10赛季的德甲联赛。2017年5月20日，美因茨虽然客场0比2负于科隆，但最终保级成功。
2022-2023赛季中，美因茨队表现起伏，一度以4:0的胜利和0:3的失利收场。在2023年5月27日的德甲末轮比赛中，他们客场2-2逼平多特蒙德，最终以46分居第9位。随后球队进行了一系列转会活动，包括引进新球员汤姆·克劳斯和范登伯格，签下吉拉沃吉、埃尔加齐等，同时与埃尔加齐解除合同。
