拜仁慕尼黑足球俱乐部注册协会是位于德国巴伐利亚州首府慕尼黑市的综合体育运动协会，成立于1900年2月27日。旗下最著名的是拜仁慕尼黑足球俱乐部（Fußball-Club Bayern München，简称“拜仁慕尼黑”或“拜仁”）。
追溯历史，1932年拜仁赢得了队史首次德国全国联赛冠军；并于1965/66赛季首次参加德甲，最终获得第三。拜仁男队在德国足球领域取得辉煌战绩，获得过32次德国足球甲级联赛冠军和20次德国杯冠军，先后11次杀入欧冠决赛并6次捧得大耳朵杯，还获得过1次欧洲联盟杯、1次欧洲优胜者杯、2次欧洲超级杯和4次俱乐部赛事世界冠军，成为继巴塞罗那之后第二支“六冠王”球队。此外，拜仁女队成立于1970年，也取得过4次德国女子足球甲级联赛冠军和1次女子德国杯冠军。
球队标志由红白蓝三色组成，其中核心的蓝白格子源自于巴伐利亚州旗的颜色及样式；球队主场球衣主色调为红色及白色偶有蓝色。2005年，拜仁慕尼黑离开使用长达33年的慕尼黑奥林匹克体育场，入驻安联竞技场。 2023年2月，拜仁慕尼黑足球俱乐部注册协会的会员数量达到30万，进一步巩固其作为世界上会员最多体育俱乐部的地位。
在拜仁慕尼黑成立之前，其前身是慕尼黑1879男子体操俱乐部的足球部门。由于11名球员不满高层否决他们加入德国足球协会的请求，他们于1900年2月27日晚上在弗朗茨·约翰的带领下创立了拜仁慕尼黑足球俱乐部。不久后，拜仁慕尼黑就以大比分战胜多个同城竞争对手，一举杀入了1900/01赛季南德足球锦标赛（South German championship）的半决赛。
接下来的几年里，拜仁获得了多个当地联赛的冠军奖杯，并于1910/11赛季加入了当地新创建的联赛——“Kreisliga”，这也是巴伐利亚的第一个地区级联赛。拜仁获得了联赛创办初年的冠军，但未能卫冕，直至1914年再次夺得该项赛事的锦标。值得一提的是，在一战期间，德国所有的足球赛事都陷入了停顿。
一战结束后的几年里，拜仁慕尼黑获得了几个地区级别比赛的冠军。1926年，球队夺得了历史上第一个南德冠军，两年后再次取得了这一成就。然而，1932年，在理查德·科恩教练的带领下，拜仁击败了法兰克福和谐队，赢得了队史首次全国联赛冠军。然而，二十世纪三十年代希特勒政权的到来打乱了拜仁的发展步伐。俱乐部主席和主教练因为犹太人身份被迫离开德国。此时，俱乐部的其他一些球员也遭到了清洗，拜仁被嘲讽为“犹太人的俱乐部”。在接下来的几年中，拜仁无法继续参与全国冠军的竞争，在当地联赛中也仅仅排名中游。
二战结束后，拜仁加入了德国足球南部高级联赛。然而，在1945年至1963年期间，尽管进行了大刀阔斧的改革并解雇了多达13名教练，但球队的成绩始终未见起色。1955年，拜仁不幸从德国足球南部高级联赛降级，但次赛季便成功升级归来。同年，拜仁以1-0战胜杜塞尔多夫获得了队史首个德国杯冠军。然而，50年代末，拜仁遭遇到了严重的财政问题，濒临破产。在这关键时刻，球迷企业家罗兰·恩德勒(Roland Endler)伸出援手，为俱乐部提供了必要的资金，并获得了4年的俱乐部掌控权作为回报。
1963年，德国足球南部高级联赛和其他几个联赛被整合为一个新的联赛——德国足球甲级联赛。尽管有5支德国足球南部高级联赛的队伍加入了新组建的联赛，但当时获得联赛第三的拜仁却未被包括在内。原因是拜仁的同城死敌慕尼黑1860获得了当年的冠军，而德国足协当时只允许每个城市有一支球队加入德甲。然而，两年后，拜仁依靠着年轻的天才球员弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒以及塞普·迈耶，成功地杀入了德甲联赛。
接着，1965/66赛季成为拜仁在德甲的处子赛季，尽管最初以0比1不敌慕尼黑1860，但最终却收获了联赛季军。同时，球队在德国杯赛场上夺得队史第二冠，并获得了1966/67赛季欧洲优胜者杯的参赛资格。1967年5月31日，在纽伦堡市政体育场，拜仁慕尼黑依靠弗朗茨·罗特在加时赛中的进球，以1比0力克苏格兰球队格拉斯哥流浪者足球俱乐部，首次夺得了欧洲优胜者杯冠军，这也是俱乐部队史首次获得欧洲赛事冠军。
在1967年，拜仁成功卫冕德国杯，但在其他战线上的表现却不尽如人意。1968年，南斯拉夫人布兰科·泽比奇接过帅印，他对纪律的要求非常严格，这为拜仁带来了良好的成绩。在仅仅使用13名球员的情况下，他带领球队取得了拜仁队史同时也是德国足球历史上第一个德甲和德国杯双冠王。
1970年，乌多·拉特克接手拜仁慕尼黑队，带领球队成功赢得了1970/71赛季的德国杯冠军。这标志着拉特克执教生涯在拜仁的开门红。
紧接着的1971/72赛季，拉特克率领球队在慕尼黑奥林匹克球场以5比1大胜沙尔克04，不仅夺得了德甲联赛的冠军，也见证了德甲历史上首次使用直播技术的比赛。
随后两个赛季，拜仁慕尼黑展现出色的实力，成功斩获了德甲三连冠的伟业。他们的表现可谓无可匹敌。
而在1973/74赛季的欧洲冠军杯决赛中，拜仁与马德里竞技战平，在重赛中以4比0的比分横扫对手，赢得了俱乐部历史上第一座欧洲冠军杯。这一胜利彰显了拜仁在国际赛场上的强大实力。
在接下来的几年里，尽管拜仁在国内联赛中遇到一些挑战，但他们在欧洲冠军联赛上却保持着尊严。他们先后击败了英格兰的利兹联和法国的圣埃蒂安，成为第三支获得欧洲冠军联赛三连冠的球队。
此外，1976年，拜仁以总比分2-0击败巴西的克鲁塞罗，首次获得了洲际杯。这一辉煌战绩再次彰显了拜仁在国际赛场上的统治地位。
然而，在巅峰之后的几年中，拜仁未能再度斩获重要赛事的冠军。弗朗茨·贝肯鲍尔前往纽约宇宙队发展，而塞普·迈耶和乌利·赫内斯也相继宣布退役。
20世纪80年代是拜仁慕尼黑历史上的动荡时期，球队经历了许多人员变动和严重的财政问题。保罗·布莱特纳和卡尔·海因茨·鲁梅尼格成为了球队的核心人物，他们带领球队先后在1979/80赛季和1980/81赛季的德甲联赛中夺得冠军，使拜仁慕尼黑在当时被誉为“布莱特尼格”队（FC Breitnigge）。
在接下来的两个赛季中，拜仁只获得了1981/82赛季的德国杯冠军。1983年，乌多·拉特克再次担任球队主教练，与此同时，布莱特纳宣布退役。1983/84赛季，拜仁再次夺得德国杯冠军，并在6年内5次夺得各项赛事冠军，更是在1985/86赛季取得了联赛和德国杯的双料冠军。在这十年中，拜仁慕尼黑在欧洲赛场上的表现并不突出，只在1981/82赛季和1986/87赛季获得了欧洲冠军联赛亚军。
1987年，尤普·海因克斯成为了拜仁慕尼黑的主教练。在赢得1988/89赛季和1989/90赛季的德甲联赛冠军后，球队的战绩开始下滑。1990/91赛季，拜仁屈居德甲亚军，1991/92赛季甚至险些降级，最终以仅领先降级区5分的成绩排名德甲第10位。1993/94赛季下半程，当时的主席贝肯鲍尔亲自出马，接管了拜仁慕尼黑，率领球队在四年沉寂之后再度夺得德甲联赛冠军。
德国拜仁慕尼黑在1998年到2004年期间由奥特马·希斯菲尔德执掌教鞭。在他的第一个赛季，球队不仅赢得了当年的德甲联赛冠军，还几乎夺得了欧洲冠军联赛冠军，只可惜在全场领先的情况下被曼联在伤停补时阶段打入两球。在1999/2000赛季，拜仁再次实现了历史上第三次的双冠王。
在2000/01赛季的德甲联赛最后一轮，拜仁最终逼平对手并险些失利，但幸运地捧起了沙拉盘。不久之后，他们在欧冠决赛中点球战胜了西班牙球队瓦伦西亚，时隔25年重返欧洲之巅。接着，拜仁又夺得了2001年的丰田杯冠军，然而2001/02赛季却是拜仁表现不佳的一年。2002/03赛季，拜仁再次取得了球队历史上的第四个双冠王，并以领先斯图加特16分的成绩创造了德甲联赛的记录。同年，拜仁参加了西亚海湾邀请赛，在对阵中国冠军大连实德时以3-1获胜。
希斯菲尔德的执教生涯在2004年结束，当年拜仁的表现令人失望，甚至在德国杯比赛中输给了德乙球队亚琛足球俱乐部。随后，菲利克斯·马加特接管球队，并带领拜仁再次获得了两次双冠王。2005/06赛季开始之初，拜仁搬进了新建的安联竞技场作为主场，这座新球场与同城对手慕尼黑1860足球俱乐部共享。然而，2006/07赛季上半程，球队表现糟糕，导致主教练马加特在冬歇期后离开。2007年1月，奥特马·希斯菲尔德重返球队，但该赛季球队表现仍不如人意，最终排名第四，未能晋级下赛季欧冠，德国杯决赛也失利。2007/08赛季开始前，拜仁进行了大规模的阵容改革和重建，共签下了8名球员，出售、解雇和外租了多达9人。其中，从佛罗伦萨引进的卢卡·托尼、从云达不莱梅引进的米罗斯拉夫·克洛泽以及从马赛引进的弗兰克·里贝里是最重要的引援。由于这些引援，球队从联赛开始就一直处于榜首位置，最终获得了该赛季的双冠王。
2008年1月11日，克林斯曼以接替希斯菲尔德的身份签约拜仁慕尼黑，并于2008年7月1日开始执教球队。2008/09赛季，球队在德甲联赛开局不利，在前6轮比赛中只赢得了2场胜利，但随后有所进步；在德国杯四分之一决赛中被勒沃库森淘汰；尽管在欧冠比赛中以总比分12-1的成绩击败葡萄牙体育创造了欧冠淘汰赛最大比分差纪录，但随后1-5惨败给巴塞罗那被淘汰出局。
2009年4月27日，拜仁主场不敌沙尔克04，积分滑落到联赛第3，克林斯曼被迫下课，老帅尤普·海因克斯暂时接手球队直到赛季结束。在海因克斯的带领下，球队最终收获联赛亚军，顺利获得下赛季欧冠小组赛资格。2009年夏天，拜仁聘请了荷兰名帅路易斯·范加尔执掌球队，并从皇家马德里引进了荷兰小飞侠阿尔杰·罗本。在2009/10赛季，拜仁虽然开局不佳，但依然提前一轮夺得了联赛冠军。德国杯赛场上，拜仁再次夺冠，球队再次实现了双冠王壮举。而在当赛季的欧冠中，拜仁先后淘汰了佛罗伦萨、曼彻斯特联和里昂，最终与国际米兰会师决赛，遗憾地输球无缘奖杯。
2010/11赛季，拜仁排名德甲联赛第三，德国杯止步四强，欧冠遭遇国际米兰再次被淘汰出局。2011/12赛季，拜仁不幸成为“三亚王”，在德甲联赛和德国杯赛场均位列多特蒙德之后，而在欧冠决赛中，尽管占据优势的情况下被切尔西扳入点球大战遗憾失利无缘冠军。
2012/13赛季，拜仁慕尼黑提前6轮夺得德甲冠军，创造了德甲50年历史中最快夺冠纪录；在欧冠半决赛中以总比分7-0双杀巴塞罗那晋级决赛，并凭借着阿尔杰·罗本和马里奥·曼祖基奇的进球力克多特蒙德队，第五次登上欧洲之巅；而在德国杯赛场上，马里奥·戈麦斯6分钟帽子戏法帮助球队6-1击败沃尔夫斯堡晋级决赛，并在柏林的决赛中3:2战胜斯图加特夺得德国杯冠军。因此，拜仁慕尼黑成为欧洲第七支获得“三冠王”荣誉的球队，也是德国第一支获得此荣誉的球队。
2013年夏天，瓜迪奥拉接替老帅海因克斯执掌拜仁帅印，但首场正式比赛不敌多特蒙德未能夺得德国超级杯冠军。8月30日，拜仁慕尼黑在布拉格伊甸园球场迎来欧联冠军切尔西的挑战，两度落后两度扳平，最终点球大战力克对手，首次夺得欧洲超级杯冠军。12月21日，拜仁慕尼黑在国际足联俱乐部世界杯决赛上2比0击败东道主球队卡萨布兰卡拉贾足球俱乐部，获得冠军。至此，拜仁慕尼黑在2013年成为“五冠王”。
2014年3月13日，时任俱乐部监事会主席乌利·赫内斯因逃税入狱三年半，原副主席卡尔·霍普夫纳接替他担任俱乐部主席。3月25日，拜仁客场3比1战胜柏林赫塔提前7轮卫冕联赛冠军，成为德甲51年历史上首支在三月份捧起冠军奖盘的俱乐部，同时创造了新的53场联赛跨赛季不败纪录。3月26日，2014年劳伦斯奖在吉隆坡揭晓，拜仁获得最佳团队奖。5月17日，拜仁在德国杯决赛中以2比0击败多特蒙德，赢得队史第十次“双冠王”。
2014/15赛季，拜仁免费签下强援罗伯特·莱万多夫斯基，并从皇马引进老将哈维·阿隆索，但同时失去了托尼·克罗斯转投皇马。接连两个赛季，拜仁成功卫冕德甲，并在2015/16赛季再次获得双冠王，但连续第三年在欧冠半决赛出局。瓜迪奥拉合同到期后离开拜仁。
拜仁慕尼黑在2016年夏天迎来了意大利教练卡尔洛·安切洛蒂的到来，同时球队也欢迎了青训球员马茨·胡梅尔斯的重回。此外，乌利·赫内斯在2016年11月再度担任俱乐部监事会主席。在安切洛蒂的带领下，拜仁提前三轮斩获了德甲联赛五连冠，但在德国杯中止步半决赛，在欧冠赛场上则止步八强。赛季结束后，球队的队长菲利普·拉姆、汤姆·施塔克和哈维·阿隆索相继宣布退役。2017年7月，拜仁正式宣布将全资拥有安联竞技场。
2017/18赛季，拜仁进行了一系列大规模的人员调整，签入了金斯利·科芒、科朗坦·托利索、塞尔吉·格纳布里和尼克拉斯·聚勒等年轻球员，并从皇家马德里租借了哈梅斯·罗德里格斯。然而，赛季初安切洛蒂因球队成绩不佳被解雇，助理教练威利·萨尼奥尔短暂接手球队，随后老帅海因克斯再度上任挽救局势。在海因克斯的带领下，球队提前6轮成功卫冕德甲冠军，但在欧冠赛场遗憾止步四强，德国杯决赛中不敌法兰克福。
2018年8月13日，新任主帅尼科·科瓦奇带领拜仁慕尼黑以5-0横扫法兰克福，赢得德国超级杯。2018/19赛季，尽管拜仁在德甲联赛中一度落后多特蒙德9分，但最终还是以微弱的2分优势收获德甲冠军。2019年5月25日，德国杯决赛中，莱万多夫斯基攻入两球，帮助拜仁3:0战胜RB莱比锡，第19次捧起德国杯。
然而，2019年8月4日，拜仁在德国超级杯中以0比2负于多特蒙德，无缘冠军。同年11月16日，赫尔伯特·海纳当选为拜仁慕尼黑足球俱乐部注册协会新任主席。11月23日，拜仁官方宣布解雇主帅科瓦奇，助教教练汉斯-迪特·弗利克暂时接管球队。12月10日，海纳成为拜仁慕尼黑股份公司监事会主席，而赫内斯则担任副主席。最终，2020年4月3日，拜仁俱乐部官宣与主教练弗里克续约至2023年。
拜仁慕尼黑在2020年创造了辉煌的赛季表现。他们提前两轮赢得了本赛季的德甲冠军，这是俱乐部历史上第29次夺冠，同时也连续第八年问鼎德甲，追平了上赛季尤文图斯创造的欧洲五大联赛连冠纪录。7月5日，拜仁在柏林奥林匹克球场4-2击败勒沃库森，赢得了俱乐部的第20座德国杯冠军，并实现了第13次国内双冠王的壮举。
在2019/20赛季的欧冠比赛中，拜仁再次展现强大实力。他们在四分之一决赛中8:2大胜巴塞罗那，随后在半决赛中3比0完胜里昂，成为冠军联赛历史上首支单赛季前10场全胜的球队。最终，在决赛中，拜仁凭借金斯利·科芒的头球1-0击败了法甲霸主巴黎圣日耳曼，以全胜战绩捧起了欧冠冠军奖杯，收获了球队的第六座“大耳朵杯”，成为队史第二次实现“三冠王”。
在2020年9月25日的欧洲超级杯比赛中，拜仁击败了塞维利亚，顺利捧起了超级杯奖杯。此外，他们还在10月1日赢得了德国超级杯冠军。而在2021年2月12日，拜仁通过战胜新莱昂自治大学老虎足球俱乐部，获得了国际足联俱乐部世界杯冠军，成为继巴塞罗那之后第二支在单一自然年内夺得六项主要赛事冠军的俱乐部。
然而，在2021年1月14日的德国杯比赛中，拜仁客场对阵德乙荷尔斯泰因基尔足球俱乐部，遗憾地在点球大战中被淘汰出局。此外，在欧冠1/4决赛中，拜仁也未能突破巴黎圣日耳曼的防线，无缘晋级。尽管如此，拜仁慕尼黑俱乐部在2021年5月获得了劳伦斯世界体育奖最佳团队荣誉，并在同月23日提前两轮取得了德甲九连冠的伟业，刷新了德甲纪录，追平了欧洲五大联赛最长的连冠纪录。
2021年8月17日，拜仁慕尼黑客场3:1战胜多特蒙德，第9次夺得德国超级杯冠军。 [56] 8月15日下午，俱乐部宣布“轰炸机”盖德·穆勒因病去世，享年75岁。盖德·穆勒曾代表拜仁赢得4次德甲冠军、4次德国杯冠军，并且是拜仁欧冠三连冠的绝对核心；1970年获得金球奖，1967和1969年两次获得德国足球先生称号。盖德·穆勒在代表拜仁的427场德甲比赛中攻入365球，这一纪录几乎无人能够打破。 9月21日，莱万多夫斯基获得了“欧洲体育媒体”协会授予的2020/21赛季欧洲金靴奖。
2021年，拜仁俱乐部官方任命马尔科-内佩（Marco Neppe）为俱乐部技术总监，并任命米歇尔-格林格尔（Michael Gerlinger）为俱乐部体育业务和竞技副主席。 2021年12月16日，拜仁俱乐部正式宣布签下中国年轻门将刘邵子洋，合同直至2025年6月30日。 12月18日，莱万多夫斯基在2021/22赛季半程收官战中攻入1球，以43球的进球数成功打破了盖德·穆勒在1972年创造的德甲自然年进球纪录（42球）。
2022年4月13日，拜仁慕尼黑在2021/22赛季欧冠1/4决赛次回合中主场1-1战平比利亚雷亚尔，总比分1-2不敌对手，无缘晋级四强。4月24日，拜仁慕尼黑提前3轮锁定德甲冠军，成为欧洲五大联赛历史上首支实现10连冠的球队。2022年5月，托马斯·穆勒和曼努埃尔·诺伊尔相继与俱乐部续约至2024年。
2022年5月24日，拜仁慕尼黑俱乐部签下了自由球员努赛尔·马兹拉维，签约至2026年。6月14日，球队又从阿贾克斯引进了瑞恩·赫拉芬贝赫，合同签至2027年。6月22日，俱乐部以3200万的价格从利物浦签下了萨迪奥·马内，合同有效至2025年；7月20日，俱乐部以4500万的身价将莱万多夫斯基转会至巴塞罗那，并以6700万的价格从尤文图斯签下了德利赫特，合同签至2027年。7月30日，拜仁慕尼黑在客场以5:3战胜RB莱比锡，夺得德国超级杯冠军。9月17日，德甲联赛第七轮，拜仁客场0-1不敌奥格斯堡，遭遇连续4轮不胜，7轮仅拿到12分，创造了队史12年来最差的联赛开局。
2023年1月，在诺伊尔受伤后，俱乐部从门兴签下扬·索默替补他的位置，并从曼城租借边后卫若昂·坎塞洛。同月，在德甲第16轮比赛结束后，拜仁以领先法兰克福、柏林联合和弗赖堡5分的成绩，提前一轮锁定德甲半程冠军。进入2023年以来，拜仁在德甲连续战平莱比锡、科隆和法兰克福，3轮比赛仅积3分；这是自2007年以来拜仁自然年度的最差开局。3月9日，欧冠1/8决赛，拜仁以两回合总比分3-0淘汰巴黎圣日耳曼，连续第四个赛季晋级欧冠八强。3月24日，拜仁宣布托马斯·图赫尔接替纳格尔斯曼出任拜仁主教练，双方签约至2025年6月。4月5日，德国杯1/4决赛，拜仁1-2不敌弗赖堡，连续3个赛季无缘德国杯4强。4月20日，欧冠1/4决赛，拜仁以总比分1-4不敌曼城，连续三个赛季止步欧冠八强。5月21日，德甲联赛第33轮，拜仁主场1-3不敌莱比锡，失去争冠主动权。5月27日，德甲联赛第34轮，拜仁2-1战胜科隆，凭借净胜球优势获得德甲11连冠。5月28日，俱乐部解雇了卡恩和萨利哈米季奇，扬-克里斯蒂安·德雷森被任命为俱乐部股份公司董事会主席。
2023年6月，拜仁慕尼黑俱乐部进行了一系列引援动作。莱默尔和球队签约至2027年，努贝尔结束租借回归球队，同时格雷罗也以自由身加入，并签约至2026年。6月30日，拜仁宣布坎塞洛和布林德合同到期离队。7月，球队从那不勒斯签下金玟哉。7月18日，克里斯托夫·弗洛伊德被任命为球队的体育总监。7月25日，萨比策转会多特蒙德。同月，门将努贝尔被租借至斯图加特。8月2日，马内离队加盟利雅得胜利；8月3日，球队与优素福·卡巴达伊签下职业合同至2025年并外租至沙尔克04，租期为一年。8月8日，索默转会加盟国际米兰；8月12日，球队从托特纳姆热刺签下哈里·凯恩。8月19日，2023-24赛季德甲联赛首轮，拜仁4-0大胜不来梅，收获新赛季开门红。8月26日，丹尼尔·佩雷茨正式加盟拜仁。8月28日，德甲第2轮，拜仁主场3-1战胜奥格斯堡，德甲联赛总积分达到了4001分，成为德甲历史上首支总积分达到4000分的球队。8月30日，维多维奇外租至萨格勒布迪纳摩至2024年夏天；8月31日，后卫帕瓦尔转会国际米兰。9月2日，赫拉芬贝赫转会加盟利物浦。11月2日，拜仁客场1-2遭萨尔布吕肯逆转绝杀，止步德国杯第2轮，各项赛事13场不败遭终结；这是拜仁最近23年以来在德国杯首次被德丙球队淘汰。11月9日，拜仁慕尼黑2-1击败加拉塔萨雷提前2轮小组出线，连续16个赛季晋级淘汰赛，38场欧冠小组赛不败。
2022年5月24日，拜仁慕尼黑俱乐部签下了自由球员努赛尔·马兹拉维，并与其签约至2026年。 6月14日，球队又从阿贾克斯签下了瑞恩·赫拉芬贝赫，合同期到2027年。6月22日，俱乐部以3200万欧元的费用从利物浦签下了萨迪奥·马内，并签约至2025年；7月20日，俱乐部以4500万的价格将莱万多夫斯基出售给巴塞罗那，并以6700万的费用从尤文图斯签下了德利赫特，合同期至2027年。7月30日，拜仁慕尼黑在莱比锡红牛竞技场以5:3战胜RB莱比锡，赢得了德国超级杯冠军。9月17日，德甲联赛第七轮，拜仁客场0-1不敌奥格斯堡，遭遇4轮不胜，7轮比赛仅拿到12分，创造了队史12年来最差的联赛开局。
2023年1月，在诺伊尔受伤后，俱乐部从门兴签下扬·索默顶替他的位置，并从曼城租借了边后卫若昂·坎塞洛。同月，在德甲第16轮比赛结束后，拜仁排名积分榜第一，领先法兰克福、柏林联合和弗赖堡5分，提前一轮锁定了德甲半程冠军。进入2023年以来，拜仁在德甲连续踢平莱比锡、科隆和法兰克福，3轮比赛仅积3分；这是自2007年以来拜仁自然年度最差的开局。3月9日，欧冠1/8决赛，拜仁两回合总比分3-0淘汰了巴黎圣日耳曼，连续4个赛季晋级欧冠8强。3月24日，拜仁官方宣布托马斯·图赫尔接替纳格尔斯曼出任拜仁主教练，并签约至2025年6月。4月5日，德国杯1/4决赛，拜仁1-2不敌弗赖堡，连续3个赛季无缘德国杯4强。4月20日，欧冠1/4决赛，拜仁总比分1-4遭曼城淘汰，连续3个赛季止步欧冠8强。5月21日，德甲第33轮，拜仁1-3被莱比锡逆转，失去了争冠主动权。5月27日，德甲第34轮，拜仁2-1战胜科隆，凭借净胜球优势获得了德甲11连冠。5月28日，卡恩和萨利哈米季奇被俱乐部解雇，而扬-克里斯蒂安·德雷森则被任命为俱乐部股份公司董事会主席。
2023年6月，莱默尔以自由身加入球队，双方签订了一份到2027年的合同；努贝尔的租借期结束，重新回归球队；格雷罗也以自由身加盟，并签约至2026年。6月30日，拜仁宣布坎塞洛和布林德的合同到期并离队。7月，拜仁从那不勒斯引进金玟哉。7月18日，拜仁宣布克里斯托夫·弗洛伊德将于9月1日开始担任球队的体育总监。7月25日，萨比策转会至多特蒙德。同月，门将努贝尔被租借至斯图加特。8月2日，马内离开球队加盟利雅得胜利；8月3日，球队与优素福·卡巴达伊签订了职业合同，合同期至2025年，并外租至沙尔克04，租期为一年。8月8日，索默转会至国际米兰；8月12日，球队从托特纳姆热刺签下哈里·凯恩。北京时间8月19日，2023-24赛季德甲联赛首轮，拜仁4-0大胜不来梅，取得了新赛季德甲开门红。8月26日，丹尼尔·佩雷茨正式加盟拜仁。8月28日，德甲第2轮，拜仁主场3-1战胜奥格斯堡，拿下三分，使得拜仁在德甲联赛总积分达到了4001分，成为德甲历史上首支总积分达到4000分的球队。8月30日，维多维奇外租至萨格勒布迪纳摩至2024年夏天；8月31日，后卫帕瓦尔转会至国际米兰。9月2日，赫拉芬贝赫转会至利物浦。11月2日，拜仁客场1-2不敌萨尔布吕肯，止步德国杯第2轮，各项赛事13场不败的纪录告终；这是拜仁23年来首次在德国杯中被德丙球队淘汰。11月9日，拜仁慕尼黑2-1击败加拉塔萨雷提前两轮小组出线，连续16个赛季晋级淘汰赛，保持着38场欧冠小组赛不败的记录。
2023年11月12日，在本轮德甲比赛中，拜仁以4-2战胜海登海姆，本赛季的德甲进球数达到42个，创造了同期德甲进球数的新纪录。12月，拜仁从格拉纳达引进了西班牙边锋布莱恩·萨拉戈萨；德甲第14轮比赛中，拜仁1-5不敌法兰克福，遭遇了本赛季在联赛中的首场失败。12月13日，欧冠小组赛最后一轮，拜仁1-0击败曼联，以小组第一的身份晋级16强；据统计，拜仁在过去40场欧冠小组赛中保持不败，并且球队在过去9个欧冠客场比赛中全部取得胜利，延续了自己的纪录。12月18日，德甲比赛中，凯恩率先破门帮助拜仁战胜斯图加特。据统计，拜仁已经连续64个德甲主场比赛中取得进球，追平了他们自己保持的德甲联赛纪录，这一成绩曾在1970年至1974年间同样保持了64场主场连续破门的记录。
2024年1月，拜仁与萨拉戈萨和戴尔签订合同。
